Эбботт lex-ID платформа Abbott Molecular

Plex-ID – новая платформа Abbott Molecular, призванная совершить революцию в методологии идентификации возбудителей инфекционных заболеваний. Уникальное решение, сочетающее избирательный и чувствительный метод ПЦР с точным масс-спектрометрическим анализом ампликонов, не имеет аналогов и позволяет обнаруживать самые разнообразные биологические организмы, включая бактерии, вирусы, грибки и простейшие. Кроме того, система эффективно используется в судебной медицине для идентификации личности.
Традиционные подходы требуют проведения целого ряда экспериментов по тестированию на наличие микроорганизмов и принадлежность их к конкретному виду. Для проверки наличия других микроорганизмов, необходимо проводить дополнительные испытания. Plex -ID System решает эту проблему!
Принцип метода Plex-ID
Система биоидентификации PLEX-ID объединяет запатентованную систему ПЦР-праймеров широкого покрытия и масс-спектрометрию. При помощи этой технологии можно идентифицировать присутствующие в образце организмы (схемы 1,2).


Схема 1.
Подготовка ампликонов для анализа ESI-TOF масс-спектрометрией:
- лизис и подготовка пробы
- выделение ДНК и/или РНК
- раскапывание в планшеты
- ПЦР

Схема 2.
МС-анализ и обработка спектра:
- анализ цепей ДНК методом электроспрей-ионизация
- компьютерный расчет нуклеотидного состава
- картирование на известные записи в базе данных


Праймеры широкого покрытия амплифицируют фрагменты патогенов, как известных, так и неизвестных, после чего методом масс-спектрометрии устанавливаются их молекулярные веса.


Программное обеспечение системы биоидентификации PLEX-ID автоматически преобразует эти данные в понятные клиницисту результаты. Весь процесс – от взятия образца до получения ответа – занимает менее восьми часов.
Таким образом, система биоидентификации PLEX-ID реализует технологию, позволяющую идентифицировать организм и провести генотипирование штамма в ходе единого рабочего процесса с момента получения образца. Система позволяет автоматически обработать сотни образцов за 24 часа. Полученные результаты существенно повышают эффективность работы в области микробиологии и судебной медицины.
Интерпретация данных
Ключевым элементом cистемы биоидентификации PLEX-ID является база данных геномной информации, позволяющая от композиции оснований перейти к уникальной нуклеотидной последовательности. База данных постоянно пополняется благодаря тесному сотрудничеству Ibis Biosciences со своими пользователями и партнерами.
Система биоидентификации PLEX-ID позволяет получить данные о нуклеотидном составе нескольких участков гена путем параллельной амплификации. Организмы, соответствующие обнаруженной композиции оснований, идентифицируются по базе данных ампликонов.


База данных геномной информации постоянно пополняется данными о новых штаммах и микроорганизмах


Область применения
• Система биоидентификации PLEX-ID становится особенно важной при вспышках эпидемий и госпитальных инфекций, так как дает возможность быстро получать критически важную информацию и мгновенно реагировать. Система биоидентификации PLEX-ID позволяет не только идентифицировать возбудителя, но и дифференцировать близкородственные инфекционные агенты.
В настоящее время доступно большое количество тест-систем, которые одновременно и специфически характеризуют самые разнообразные штаммы. Система биоидентификации PLEX-ID применяется в следующих областях:
• Клинические исследования
• Эпидемиологические исследования
• Идентификация возбудителей госпитальных инфекций
• Судебная медицина
Система биоидентификации PLEX-ID обеспечивает высокопроизводительную, универсальную идентификацию патогенов в самых разнообразных образцах и сложных смесях всего лишь за один анализ. Возможности системы позволяют использовать ее для Поиска и идентификации микроорганизмов; микросателлитного анализ на основе STR- локусов; SNP-анализа; анализ митохондриальной ДНК
Возможности системы:
• Вместимость лотка подачи: 15 96-луночных планшет
• Автоматическое обессоливание ампликонов
• Автоматический ввод образцов из 96 -луночных планшет в масс-спектрометр
• Система ионизации фрагментов и детектирования масс; Метод ионизации: электроспрей; детектор: TOF
• Возможность загрузки планшет в обычном и экстренном режиме без остановки системы
• Возможность создания и печати отчетов с принтера в комплекте
Компоненты прибора Plex-ID:
• Автоматическая станция обессоливания на основе магнитных частиц
• Рабочая компьютерная станция для обработки данных и управления прибором
(Pentium 4 процессор, не менее 2 GHz; Операционная система Windows XP; RAM не менее 1 GB)
• Масс-спектрометр ESI TOF
• Вакууумный насос, компрессор, источник бесперебойного питания
• Сканер штрих-кодов
• Расходные материалы (в зависимости от типа образца и вида анализа)
Дополнительно в комплект системы входят:
1. Прибор для механической подготовки бактериальных и грибковых образцов
2. Система для экстракции ДНК и РНК с помощью магнитных частиц
3. Роботизированная система подготовки 96-луночных планшет
4. ПЦР-амплификатор (термоциклер)